En 1998, el Gobierno del presidente de Estados Unidos, Bill Clinton, puso fin a una operación para matar al líder de Al Qaeda en Afganistán utilizando misiles de crucero, porque se calculaba que los daños colaterales ascenderían a 300 víctimas y las informaciones obtenidas sólo producían un 50% de confianza.
Como destacó la Comisión de investigación sobre el 11-S, “después de este episodio, los estrategas del Pentágono intensificaron sus esfuerzos para encontrar una alternativa más precisa”. En 2000 y 2001, la Fuerza Aérea estadounidense trató de reconfigurar un misil anticarros Hellfire para poder equiparlo sobre un avión no tripulado Predator, dedicado a tareas de vigilancia.
El Consejo de Seguridad Nacional, en una reunión celebrada una semana antes de los atentados del 11-S, decidió que el Predator armado no estaba aún listo para su despliegue operativo.
La primera muerte causada por drones, que se conoce, se produjo en noviembre de 2001, cuando un Predator disparó contra Mohammed Atef, uno de los principales jefes de Al Qaeda, en Afganistán.
